馆区的主体建筑排布在南北走向的中轴线上，由南到北依次为瞻仰台、纪念馆主馆、附馆、周恩来铜像和仿北京中南海西花厅。主馆、附馆坐落在中部三面环水的半岛上，和中轴线最北端的西花厅一起，是游客主要参观的三个场馆。
主馆分三层。一层为陈列厅，里面以丰富而详实的图片、实物和电视显示屏，介绍了周恩来的一生。二层为瞻仰大厅，中央立着高4.7米的周恩来汉白玉全身雕塑。三层是观景台，可俯看馆区，远眺淮安古城。
附馆是周恩来生平业绩陈列馆，有两层。一层设名人字画厅和影视厅，字画厅展出国内外知名人士和书画大家为周恩来纪念馆捐赠的书画作品，影视厅主要放映周恩来生平业绩的影视片。二层为办公用房。
仿北京中南海西花厅因为能让游客一窥中南海的神秘，有两层。底层为文物库房和办公用房。二层原比例复制周恩来工作过的西花园，是一方晚清风格的北方四合院。
游览馆区，不要漏了周恩来坐过的红旗轿车、2758号飞机，都是露天摆放的。
